长港镇地处平原湖区，四季分明，光照充足，雨量充沛，土质肥沃，适宜发展各类种养业。全镇人少地多，水利设施完善，具有发展规模生产、集约经营的优越条件。长港镇地形呈不规则的锐角三角形，地属湖区平原，其特点是低洼平坦。长港两岸的地势略高，港岸如同“脊梁”。境内东部的峒山湖原是梁子湖的一个子湖，地势偏低。西部（即境内的黄金湖与大治市保安湖的西部）靠长港边缘的地势略高，东南部略低，全镇地面平均海拔高度为18米（按黄海高度），最高处是峒山，海拔高度为71.1米，地面最低点是峒山村樟湾的西南部，海拔高度为14.5米。

            镇境内有4座小山，分别是峒山、小峒山、乍巴山、石头山，均属湖中的断层山。峒山海拔高度为71.1米，小峒山海拔高度为31.9米，乍巴山海拔高度为30.3米，石头山海拔高度为28.1米。流经长港镇的天然河有两条：一是长港。此港全长46.8公里，港面宽150米左右，水深4-6米，从长港镇中部穿过，在镇境内的河道约6公里，为季节性流水河，常年有水；二是夏沟。该沟位于长港镇中部，为长港支流，河道全长4.5公里，宽100米左右。